Toto nařízení se nevztahuje na otázky ochrany základních práv a svobod nebo volného pohybu osobních údajů v souvislosti s činnostmi, které nespadají do působnosti práva Unie, jako jsou činnosti týkající se národní bezpečnosti. Toto nařízení se rovněž nevztahuje na zpracování osobních údajů členskými státy při výkonu činností v rámci společné zahraniční a bezpečnostní politiky Unie.