Toto nařízení se mimo jiné vztahuje na činnost soudů a dalších justičních orgánů, a proto by právo Unie nebo členského státu mohlo stanovit operace a postupy zpracování v souvislosti se zpracováním osobních údajů soudy a dalšími justičními orgány. Pravomoc dozorových úřadů by neměla zahrnovat zpracování osobních údajů, pokud soudy jednají v rámci svých soudních pravomocí, aby byla zajištěna nezávislost soudnictví při plnění soudních funkcí, včetně rozhodování. Dozor nad takovými operacemi zpracování by mělo být možné svěřit zvláštním subjektům v rámci justičního systému členského státu, které by zejména měly zajistit soulad s pravidly tohoto nařízení, posilovat povědomí členů justičních orgánů o jejich povinnostech podle tohoto nařízení a zabývat se stížnostmi souvisejícími s takovými operacemi zpracování.